Когда-то давно драконы правили миром эльфов, гномов, вампиров, гомункулов и людей. Сейчас почти все драконы исчезли, а выжившие держатся вместе и приобрели человеческий облик. 2019 год в Токио - мирное время, но организация под названием "Девять"...

События Fate/Apocrypha происходят в мире, параллельном миру Fate/stay night, в котором Грааль был убран из города Фуюки после Третьей Войны. История начинается с того, что в Румынии был обнаружен Святой Грааль. Его похитила и привезла в Румынию...